在中国，作为从计划经济向市场经济转型时期的一种现象，双轨制曾经普遍存在于经济的各个领域，例如价格、养老、户籍、企业、税收等等。然而一直以来，这一制度的合理性都饱受争议。
日前，在2013年中国民营经济发展论坛上，经济学家林毅夫表示，双轨制在中国已经走到了尽头。
在林毅夫看来，现在已经到了把双轨制一律都消除掉的时候，否则会影响和谐社会的构建和社会的稳定。他表示，现在中国已经具备了双轨制改革的各种条件和市场环境：“2012年，我们的人均收入已经达到6100美元，处于中等偏上收入国家水平，资本已经不是那么短缺。原来不符合比较优势的产业部门现在符合比较优势了，即现在大部分的国有企业是可以盈利的。因此，没有继续保护补贴的需要。在这种情况下，就应该把双轨制遗留下来的扭曲扳正。”
他指出，双轨制改革需要在三方面推进。第一，治理金融过度集中的问题，应该发展能够给农户和中小企业提供金融服务的地区中小银行或地区中小金融机构。第二，提高资源税费水平。原来的资源基本是白给的，现在应该将资源的费率提高到国际的合理水平。第三，放开民营企业向电信、交通等垄断性行业的准入和竞争。原来的电信交通等垄断行业，由于过去资本很密集，靠国有企业的经营，赋予其垄断地位来克服不符合比较优势的问题。而现在电信业已经变成了盈利的、具有竞争力的行业，可以允许民营经济进入与其竞争，深化改革。只有这样才能真正按照比较优势发展。
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