构建高效透明的体系是杜绝贪腐的基础。澳门在打击贪腐犯罪倡导廉洁的过程中，廉政公署主要充当四种角色。
一是扮演“啄木鸟”四处搜寻专吃“蛀虫”。《澳门廉政公署组织法》第三条规定，廉政公署针对贪污行为及由公务员作出的欺诈行为进行调查及侦查。作为“啄木鸟”的反贪局负责调查涉及贪污欺诈行为的公务员和公职部门。当有市民举报、其他部门转来或媒体曝光时，反贪局就启动调查程序。当然，在依职权发现贪污时反贪局也主动启动，由调查厅在总调查主任的领导下进行调查。
调查中为查获嫌疑人，收集和保全证据，反贪人员可搜查、搜索和扣押。如果有迹象显示某人随身藏有与犯罪有关或可能会作为证据的物品，调查员可搜查。如果有迹象显示有以上物品或有应被拘留的人正处于公众不可自由进入的领域，调查员同样可以进行搜查。经廉政专员批准，调查人员可持有并携带武器。“啄木鸟”在调查后如果发现确有贪污行为或者公务员作出欺诈行为的，会把这些“害虫”移送检察机关起诉。
为保证“啄木鸟”独立的调查权，廉署一方面可针对已获悉的犯罪和违法事实自主进行调查，不受任何人(含举报人、投诉人)左右，也不需要就已经开展的侦查告知任何机关；另一方面，凡是阻挠廉署工作或不履行合作义务的，均可能受违令罪或加重违令罪处罚。
二是廉署行政申诉局担任“保健医生”开出防贪药方。《澳门廉政公署组织法》第三条规定，开展防止贪污或欺诈行为的行动也是廉署的职能之一。其实遏制腐败仅仅靠打击是不够的，关键还是要强化预防工作。廉署的行政申诉局即充当“保健医生”的角色，专门负责给政府部门及公共机构的工作惯例和办事流程把脉问诊，以便发现可能导致贪腐的潜在隐患并开出有助于预防及遏止行政违法行为、贪污及公务员欺诈行为的良方。
三是作为廉政专家提出廉政法制完善的建议。《澳门廉政公署组织法》第4条规定，廉署就所发现的法规缺点，特别是有关公民的权利、自由、保障或正当利益受到影响的缺点，可以作出解释、修改或废止有关法规的劝谕或建议，作出制定新法规的劝谕或建议。但是，涉及属于立法会权限的法规时，仅将廉署的观点写成报告呈交行政长官即可。
四是作为专业宣传团体普及反贪防贪知识。自成立以来，廉署一向注重培养社会反贪防贪的意识。为向市民宣扬廉洁意识，廉署专员办公室内设社会关系厅充当宣传队负责确保廉署与社会的联系，定期举办活动向公众讲解预防贪污及行政违法行为。如利用电视网站、报刊杂志、灯箱广告、巴士车身等方式介绍廉署的职能权限、组织运作及成果；通过组织专题座谈会、研讨会、发送各种印有反贪防贪信息的宣传品，推广廉政意识和反贪策略。最新的《澳门廉政快报》2011年第2期，市民不仅可透过廉署网页浏览，也可到指定地点免费领取，包括廉署总部、澳门文化广场、政府信息中心、中华总商会阅书报室、教区青年牧民中心图书馆等地点。
为保障上述角色切实履行，廉署组织机构设计非常独特。
首先，廉署地位独立，仅对行政长官负责。《澳门基本法》第五十九条规定，澳门特别行政区设立廉政公署，独立工作。廉署只受行政长官领导，对行政长官负责。实际上，廉署是个独立行使职权的公共机关，设有廉政专员办公室、反贪局和行政申诉局三部门。其中，反贪局负责廉署职责及权限内的犯罪行为的调查、侦查工作。这种设置目的在于把反贪机构提到较高地位，确保其权威性以有利于打击贪污活动的有效开展。廉政专员向行政长官负责，也就是让行政长官充当反贪倡廉力量的“统帅”。这样反贪倡廉机关可借助行政长官的支持，排除来自政府部门内的各种阻力。
其次，在人事上有独立决定权。廉署的编制包括廉政专员、助理专员及辅助人员。廉署专员由特区行政长官提名并报请中央人民政府任命，是廉署一切权力的拥有者。专员可拣选两名人士担任助理专员以辅助其工作，还可任用顾问、技术顾问、调查员等协助工作，任用时仅进行登记及在政府公报上公布即可。当然，专员也有权免去上述人员职务，并对有关人员行使独立的纪律惩戒权。在2008年底，连同其它方式配备的人员廉署共143人。
再次，办公经费保障充足。廉署经费从政府每年的总预算中拨付，以确保经费上不受制于其它部门。廉署每年都把预算呈交行政长官，使其在制定特区总预算时，在支出部分中包括一项专供廉署使用的款项。为了消除廉署在反贪中的预算负担，《澳门廉政公署组织法》规定：由澳门总预算的可动用资金补足或在有需要时开立信用而以往年的预算年度结余抵销廉署的预算负担。此外，高级专员有执行廉署财政预算的权限，并且还被立法会赋予批准秘密用款的权限，其目的是应对预防和调查中的特别支出。
在廉署的努力下，近年来澳门的廉洁指数在亚太地区乃至全球皆处于靠前位置。2006年“政经风险评估”发表《亚洲贪污趋势年报》，澳门首次被纳入为评估对象。2010年澳门排第8位，得分5.71；2011年3月23日发布的今年年度报告显示：澳门以4.68分排行第6，较去年前进两位。
清廉指数(CPI)被称为“民意中的民意”。2006年国际反腐组织“透明国际”公布的国际清廉指数，澳门首次被纳入评选之列，在亚太地区25个国家及地区中排行第6。而2010年“透明国际”公布的清廉指数，澳门在全球178个国家及地区中排名第46位。
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